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Virologica Sinica, 32 (6) : 520, 2017
Research Article
基于全球基孔肯亚病毒的进化分析揭示2016在巴基斯坦疫情的病毒起源
病毒学重点实验室,中国科学院武汉病毒研究所,武汉,中国
科学与应用技术卓越中心,伊斯兰堡,巴基斯坦
 Correspondence: shenshu@wh.iov.cn;df@wh.iov.cn
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摘要
基孔肯亚病毒(CHIKV)以蚊子为传播媒介,主要在热带和亚热带地区流行。进化分析显示该病毒的亚型分布与时空存在相关性,并可能与病毒适应当地主要流行的蚊子种类及其地理分布有关。本文报道了2016年在巴基斯坦爆发的CHIKV疫情中分离到的8株新的CHIKV毒株的全基因组序列,结合目前已有的其他不同背景来源的CHIKV毒株序列,开展了全面的CHIKV进化分析,回顾了CHIKV重大的疫情爆发历史,分析了CHIKV的进化历程;同时在氨基酸水平分析了CHIKV基因型特异的突变位点,推测可能的CHIKV在全球范围的传播路线。结果表明来自巴基斯坦的CHIKV属于印度/印度洋株系,并有可能是从印度传入。通过详细序列分析,揭示了巴基斯坦CHIKV序列的适应性突变位点,进一步讨论了CHIKV在巴基斯坦蔓延的危险性。这些结果为我们更好地了解CHIKV的进化、起源和传播。同时为预测CHIKV可能爆发的新区域提供依据,对更高效地防控CHIKV疫情的爆发有十分重要的意义。
Received: 4 Sep 2017  Accepted: 28 Nov 2017  Published online: 11 Dec 2017
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