当期论文

Influenza A virus (IAV) possesses a broad host range and undergoes rapid genomic variation, leading to the continuous emergence of novel viruses with significant antigenic variations and cross-species transmission potential. Understanding the evolutionary patterns and underlying mechanisms of all IAVs is crucial for effective prevention and control. However, current genetic clustering methods, such as phylogenetic-based and genetic distance-based approaches, lack phylogenetic information, which hinders the identification of complex events such as reassortments. In this issue, Ding et al. developed a novel genotype identification method, named FluTyping, to enhance the investigation of IAV genotype-based evolution. Based on both genetic distance and phylogenetic relationships, FluTyping established a comprehensive set of classification for all IAVs using whole genome sequences, offering a macro perspective of IAVs' genetic diversity patterns and their restriction factors. The cover image depicts IAVs with multi-genotypes co-circulation patterns show region-specific dominant genotypes, and the restriction of IAV transmission within specific regions contributes to the prevalence of certain genotypes (Kindly designed and provided by Dr. Xiao Ding, Prof. Aiping Wu and Prof. Taijiao Jiang). See page 525–536 for details.

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Research Articles

甲型流感病毒的传播限制和基因组进化共同塑造了遗传多样性模式

丁啸, 刘竞择, 蒋太交, 吴爱平

2024, 39(4): 525 doi: 10.1016/j.virs.2024.02.005

收稿日期: 2023-12-04 录用日期: 2024-02-22
[HTML全文] [PDF 2957 KB] ScienceDirectESM
甲型流感病毒(IAV)具有广泛的宿主群体和快速的基因组变异,导致具有显著抗原变异的新病毒不断涌现,并具有跨物种传播的潜力。这导致全球性大流行和季节性流感的暴发,对全球造成持续性的威胁。因此,深入研究IAV整体的进化模式和潜在机制对其有效预防和控制至关重要。在这项研究中,我们开发了FluTyping工具,根据流感病毒完整基因组的遗传距离和系统发育关系对每个基因片段进行分组,进而识别每一株流感病毒的基因型,探索其整体遗传多样性模式及其限制因素。我们观察到三种不同的IAV遗传多样性模式:一是单一基因型优势流行模式,仅包括H1N1和H3N2季节性流感亚型;二是多种基因型共同流行模式,涵盖大多数禽流感亚型和猪流感H1N2;三是包含H7N9和三种H5亚型流感病毒的混合流行模式。此外,在多种基因型共同流行模式中,流感病毒显示出区域特异性的优势基因型,暗示病毒传播的限制是导致不同遗传多样性模式的关键因素,而不同模式下病毒的基因组进化更受宿主特异性影响。总之,基于FluTyping识别的基因型从宏观上展示了甲型流感的进化和遗传多样性模式,为未来该病毒的防控提供了重要的理论基础。

在青海省草原革蜱的病毒组中发现了一种新型的乌库病毒

方耀辉, 王君, 孙建青, 苏正元, 陈声耀, 肖坚, 倪军, 胡志红, 何玉邦, 沈姝, 邓菲

2024, 39(4): 537 doi: 10.1016/j.virs.2024.04.006

收稿日期: 2023-12-17 录用日期: 2024-04-23
[HTML全文] [PDF 1440 KB] ScienceDirectESM
蜱虫是中国西部青藏高原地区的主要寄生虫,可能会给农业和畜牧业带来直接的经济损失。尽管已对威胁人类和动物的蜱传病原体进行了广泛的研究,但地方优势蜱种携带的病毒组成仍然未知。本研究采集了青海湖周边的草原革蜱,并通过宏基因组测序鉴定了属于至少6个病毒科的13种病毒。其中有4种病毒在蜱虫中的丰度最高,包括已知的Xīnjiāng tick-associated virus 1 (XJTAV1),以及三种新病毒:Qīnghǎi Lake virus 1,Qīnghǎi Lake virus 2 (QHLV1和QHLV2,未分类),和 Qīnghǎi Lake virus 3 (QHLV3,属于布尼亚病毒目,白纤病毒科,乌库病毒属)。这四种病毒在草原革蜱中广泛分布,它们的最小感染率分别为8.2%、49.5%、6.2%和24.7%。进一步,在二代测序数据中发现了一条序列疑似为QHLV3的M片段。生物信息学方法预测该片段编码病毒糖蛋白,且信号肽裁剪位点、N-糖基化位点和跨膜区等,均与白纤病毒科病毒糖蛋白有相似性。利用杆状病毒表达系统检测确认该蛋白具有N-糖基化修饰,并可被剪切。此外,在其他蜱虫病毒组的测序数据中,利用该M片段找到了与之序列相似的其他乌库病毒的M片段,而这些乌库病毒原本也被认为缺少M片段。本研究通过研究草原革蜱的病毒组,促进了我们对高原地区蜱传病毒多样性的认识。而QHLV3 M 片段的发现表明,提示之前认为缺少 M 片段的乌库病毒以及相似的布尼亚病毒应具有与典型布尼亚病毒相同的基因组结构。这将促进我们对乌库病毒遗传和进化的理解,并有助于新病毒的发现。

具有适应性突变的H10N3 亚型流感病毒对哺乳动物的威胁逐渐增强

丁仕萍, 周江涛, 熊俊龙, 杜孝文, 杨文卓, 黄锦瑜, 刘议, 黄丽红, 廖明, 张家豪, 亓文宝

2024, 39(4): 546 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.005

收稿日期: 2024-01-02 录用日期: 2024-06-10
[HTML全文] [PDF 2650 KB] ScienceDirectESM
近年来,在世界各地的野生水禽、家禽和哺乳动物中陆续分离到H10亚型禽流感病毒。其中,人类感染H10N8、H10N3和H10N5亚型AIV事件的发生,引起了公众的关注。因此,需要对H10亚型AIV进行风险评估,掲示H10亚型AIV的遗传进化特征、生物学特性以及对哺乳动物的致病性,为设计出更全面的防控策略提供依据。2022年,我们从来自中国山东省的鸡中分离出两株H10N3亚型AIV(0101/H10N3和0603/H10N3)。系统发育分析表明,这两株H10N3亚型AIV的基因组与一株人源H10N3亚型AIV(0428/H10N3)亲缘关系近,其内部基因主要来源于H9N2亚型AIV。地理分布分析表明,H10亚型AIV在我国分布范围较广。其中,H10N3亚型AIV主要分离至我国江西省、江苏省和浙江省。生物特性试验表明,与H10N8病毒(102/H10N8)相比,0603/H10N3病毒热稳定性高、0101/H10N3病毒从红细胞中解凝能力强及HA蛋白表达水平高。哺乳动物试验表明,H10N3病毒和H10N8病毒(0101/H10N3、0603/H10N3和102/H10N8)对小鼠的致病性较低,在肺脏和鼻甲骨组织中均可检测到H10N3病毒,而在鼻甲骨组织中没有检测到102/H10N8病毒。此外,自2019年以来,H10N3病毒中HA Q222R和G228S双突变的比例有所增加,但该双突变的功能仍然未知,值得进一步研究。综上所述,我们的研究掲示了H10N3亚型AIV遗传进化特征和生物学特性,有助于更好理解H10N3亚型AIV,为科学地防控禽流感疫情提供依据。

Diverse genotypes of norovirus genogroup I and II contamination in environmental water in Thailand during the COVID-19 outbreak from 2020 to 2022

Kattareeya Kumthip, Pattara Khamrin, Aksara Thongprachum, Rungnapa Malasao, Arpaporn Yodmeeklin, Hiroshi Ushijima, Niwat Maneekarn

2024, 39(4): 556 doi: 10.1016/j.virs.2024.05.010

收稿日期: 2023-12-18 录用日期: 2024-05-28
[HTML全文] [PDF 2383 KB] ScienceDirectESM
Noroviruses (NoVs) are the most significant viral pathogens associated with waterborne and foodborne outbreaks of nonbacterial acute gastroenteritis in humans worldwide. This study aimed to investigate the prevalence and diversity of NoVs contaminated in the environmental water in Chiang Mai, Thailand. A total of 600 environmental water samples were collected from ten sampling sites in Chiang Mai from July 2020 to December 2022. The presence of NoV genogroups I (GI), GII, and GIV were examined using real-time RT-PCR assay. The genotype of the virus was determined by nucleotide sequencing and phylogenetic analysis. The results showed that NoV GI and GII were detected at 8.5% (51/600) and 11.7% (70/600) of the samples tested, respectively. However, NoV GIV was not detected in this study. NoV circulated throughout the year, with a higher detection rate during the winter season. Six NoV GI genotypes (GI.1-GI.6) and eight NoV GII genotypes (GII.2, GII.3, GII.7, GII.8, GII.10, GII.13, GII.17, and GII.21) were identified. Among 121 NoV strains detected, GII.17 was the most predominant genotype (24.8%, 30 strains), followed by GII.2 (21.5%, 26 strains), GI.3 (17.4%, 21 strains), and GI.4 (16.5%, 20 strains). Notably, NoV GII.3, GII.7, GII.8, and GII.10 were detected for the first time in water samples in this area. This study provides insight into the occurrence and seasonal pattern of NoV along with novel findings of NoV strains in environmental water in Thailand during the COVID-19 outbreak. Our findings emphasize the importance of further surveillance studies to monitor viral contamination in environmental water.

蝙蝠个体病毒组分析揭示了哺乳动物相关病毒与SARS相关冠状病毒的普遍共感染情况

司昊睿, 吴珂, 苏嘉, 董天一, 朱燕, 李贝, 陈颖, 李洋, 石正丽, 周鹏

2024, 39(4): 565 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.008

收稿日期: 2024-04-17 录用日期: 2024-06-19
[HTML全文] [PDF 2007 KB] ScienceDirectESM
蝙蝠是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒(SARSr-CoV)和其他高致病性微生物的自然宿主。因此,蝙蝠个体可能同时携带不止一种微生物。然而,人们目前对蝙蝠所携带的共感染微生物总体状况了解地仍非常有限。本研究中,我们在华南和华中地区进行了长达16年的蝙蝠携带病毒情况监测,在10个省或行政区的9种蝙蝠中发现了238份 SARSr-CoV 阳性样本。随后,我们对其中的76 份样本进行了基于二代测序的宏基因组分析。我们发现蝙蝠样本的复杂微环境主要以两种不同来源的微生物普遍共存为特点,即哺乳动物相关病毒和环境相关微生物,后者包括共生细菌、肠杆菌相关噬菌体和食物来源的昆虫病毒或真菌病毒。此外,我们还发现了有25%的样本(19/76)至少携带一种哺乳动物相关病毒,尤其是α冠状病毒(13/76),例如AlphaCoV/YN2012、HKU2和AlphaCoV/Rf-HuB2013相关冠状病毒,以及他病毒科的病毒。值得注意的是,我们甚至发现了在一只蝙蝠个体内有三种哺乳动物相关病毒共存的现象,包括两种冠状病毒和一种小RNA病毒。我们的分析还表明,蝙蝠还可能经常携带潜在的致病细菌或真菌。最后,我们从76份SARSr-CoV阳性蝙蝠样本中获得了25条病毒基因组序列,其中的一些甚至形成了新的进化分支。

m5C甲基转移酶NSUN2调控EV71复制的机制研究

刘丽诗, 陈珍, 张奎, 郝好杰, 马力, 刘海舟, 余宝成, 丁爽, 张雪艳, 朱妙, 郭祥, 刘艺, 刘海滨, 黄方, 彭珂, 关武祥

2024, 39(4): 574 doi: 10.1016/j.virs.2024.05.002

收稿日期: 2024-03-03 录用日期: 2024-04-03
[HTML全文] [PDF 4217 KB] ScienceDirectESM
RNA的转录后修饰在真核生物中非常常见,到目前为止报道的RNA修饰有170多种。其中,m5C修饰已被证实存在于tRNA,rRNA和mRNA中,用于调控RNA结构和功能。越来越多的证据表明,甲基转移酶NSUN2催化病毒 RNA 上的m5C修饰对不同病毒的复制至关重要。尽管m5C修饰对于RNA代谢的一些功能已被证实,但NSUN2在调控病毒复制方面的其他潜在作用在很大程度上仍不为人知。在本研究中,我们发现EV71基因组上存在m5C修饰,并在EV71感染后m5C甲基转移酶NSUN2表达显著上调,其定位从细胞核转移至细胞质。我们证实了NSUN2是催化EV71 RNA上m5C修饰的甲基转移酶,能促进EV71的复制以及病毒RNA核糖体的加载,敲低NUSN2抑制了EV71的病毒复制和组装,EV71基因组上m5C修饰位点突变后显著减弱了病毒复制。同时,EV71 RNA的m5C修饰增强了病毒蛋白的翻译,促进了病毒RNA的稳定性。此外,NSUN2与EV71 VP1互作抑制其K48泛素化促进VP1稳定性。在AG6乳鼠中,与WT EV71相比,m5C修饰缺陷毒株的致病性显着减弱。综上所述,NSUN2和m5C修饰在EV71生命周期中发挥着多重作用。我们解析了NSUN2介导的调控EV71 复制的不同途径,证实了NSUN2催化的EV71 RNA上的m5C修饰对病毒复制和致病性非常重要。

伪狂犬病病毒VHS蛋白通过阻断NF-κB和IRF3核转位拮抗干扰素的产生

闫祯芳, 岳佳宇, 张雅欣, 侯正阳, 李殿玉, 杨妍梅, 李向茸, Adi Idris, 李慧霞, 李莎莎, 谢晶莹, 冯若飞

2024, 39(4): 587 doi: 10.1016/j.virs.2024.05.009

收稿日期: 2024-01-05 录用日期: 2024-05-23
[HTML全文] [PDF 4123 KB] ScienceDirectESM
疱疹病毒通过多种天然免疫逃逸策略拮抗宿主的抗病毒反应,从而导致宿主细胞死亡。伪狂犬病病毒(pseudorabies virus, PRV)是猪的一种重要病原体,会引起宿主神经系统损伤及后遗症,从而导致宿主动物死亡。目前已知PRV在感染过程中能够引发宿主细胞凋亡。UL41编码的病毒粒子宿主关闭蛋白(virion host shutoff, VHS)在PRV感染过程中起着至关重要的作用。本研究中,通过试验证明UL41编码蛋白抑制PRV诱导的炎症细胞因子的激活,并通过靶向IRF3抑制IRF3的磷酸化入核,负调控cGAS-STING抗病毒信号通路。值得注意的是,研究还发现将UL41的RNase结构域中的保守氨基酸位点(E192、D194和D195)突变或敲低UL41能在一定程度上抑制PRV的免疫逃避,这些结果能够充分表明UL41在PRV逃逸宿主天然免疫应答中发挥了关键作用。

拉沙病毒包膜糖蛋白GP1亚基参与受体切换关键位点的鉴定

郭娇, 万仪, 刘洋, 贾潇瑛, 董思琦, 肖庚富, 王薇

2024, 39(4): 600 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.001

收稿日期: 2024-01-18 录用日期: 2024-05-31
[HTML全文] [PDF 3375 KB] ScienceDirect
拉沙病毒(LASV)导致拉沙出血热,LASV感染细胞时从第一受体 α-DG切换至第二受体 LAMP1,而与其亲缘关系高的沙粒病毒模式病毒淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒 (LCMV) 不发生受体切换。据报道,LASV-GP1中,在沙粒病毒科保守的组氨酸三联体参与受体切换。为了验证其它非保守残基是否也参与受体切换,我们基于序列和构象比对,构建了一系列 LASV-GP1 突变体蛋白,并测试它们与LAMP1的结合。结果发现,其中四个位点(L84、K88、L107 和 H170)在受体切换中发挥重要作用。将上述四个氨基酸位点分别突变为 LCMV-GP1上的相应氨基酸,均会导致LASV-GP1与LAMP1的结合力降低。此外,所有突变都会降低GPC在pH 4.5 和pH 5.2时的膜融合效率;其中,L84N 和 K88E还显著降低LASV假型病毒感染效率。通过对于LAMP1结合力的考察,发现四种突变体与 LAMP1的亲和力均下降,顺序为 L84N > L107F > K88E > H170S。本研究首次报道的这四个氨基酸位点对深入研究LASV受体转换和免疫逃逸的发生机制、开发抗LASV感染药物具有重要的参考意义。

不同沙贝病毒RBD与狐狸ACE2的受体结合及分子机制

陈俊森, 孙俊清, 徐泽鹏, 李霖杰, 康新锐, Chunliang Luo, 汪琪, 郭雪洋, 李燕, 刘科芳, 吴莹

2024, 39(4): 609 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.004

收稿日期: 2024-03-19 录用日期: 2024-06-06
[HTML全文] [PDF 4069 KB] ScienceDirectESM
研究发现狐狸具备自然感染SARS-CoV和SARS-CoV-2的能力,实验室攻毒实验也证明狐狸可以感染SARS-CoV-2。本研究评估了狐狸ACE2与SARS-CoV、SARS-CoV-2和动物源性冠状病毒等重要的沙贝病毒(sarbecoviruses)的受体结合区(RBD)的结合能力。本研究结果表明,狐狸ACE2与检测的沙贝病毒RBD均能够结合,但亲和力有所差异。通过冷冻电镜技术解析了狐狸ACE2与SARS-CoV、SARS-CoV-2 原型和Omicron BF.7的RBD的复合物结构。通过结构分析,我们发现K417突变削弱SARS-CoV-2 RBD与狐狸ACE2的结合能力。此外,SARS-CoV RBD中的Y498残基在形成与狐狸ACE2受体的关键阳离子-π相互作用中发挥着至关重要的作用。与SARS-CoV-2原型RBD相比,这种相互作用是狐狸ACE2与SARS-CoV RBD亲和力更高的主要决定因素。这些结果进一步阐释了冠状病毒跨种识别的分子机制,提示狐狸可能是多种沙贝病毒的潜在宿主,需加强对狐狸携带冠状病毒的监测,以防病毒外溢,引起新的大流行。

SARS-CoV-2 2'-O-甲基转移酶的结构和功能洞察

邓积凯, 龚飞宇, 李颖健, 谭雪, 刘雪梅, 杨世敏, 陈仙莹, 王虹运, 刘乾运, 沈超, 周立, 陈宇

2024, 39(4): 619 doi: 10.1016/j.virs.2024.07.001

收稿日期: 2023-11-24 录用日期: 2024-07-02
[HTML全文] [PDF 4446 KB] ScienceDirectESM
冠状病毒的一个独特特性是它们利用自身编码的非结构性蛋白16(nsp16),即2'-O-甲基转移酶(2'-O-MTase),通过核糖2'-O-甲基化修饰对其RNA进行加帽反应。这一过程对于维护病毒基因组稳定性、促进有效的翻译以及实现免疫逃逸至关重要。尽管对SARS-CoV-2 nsp16/nsp10的超微结构已有相当进展,但对其分子机制的了解目前还很有限。在本研究中,我们系统性地研究了SARS-CoV-2中nsp16的2'-O-MTase活性,重点关注其对于nsp10刺激的依赖性。我们观察到由于保守的相互作用界面,nsp16与nsp10在不同的冠状病毒之间存在交叉反应性。然而,在SARS-CoV-2 nsp10中的单个残基替换(K58T)限制了MERS-CoV nsp16的功能激活。进一步地,辅因子nsp10有效地增强了nsp16与底物RNA以及甲基供体S-腺苷基-L-甲硫氨酸(SAM)的结合。从机制上讲,nsp10的His-80、Lys-93和Gly-94分别与nsp16的Asp-102、Ser-105和Asp-106相互作用,进而稳定了SAM结合口袋。nsp10的Lys-43与nsp16的Lys-38和Gly-39相互作用,动态调节RNA结合口袋,并促进RNA精确绑定到nsp16/nsp10复合物中。通过评估nsp16/nsp10复合物的构象表位,我们进一步确定了参与2'-O-MTase活性的关键残基。此外,我们利用体外生化平台筛选了针对2'-O-MTase活性的潜在抑制剂。总体来说,我们的结果显著增强了对病毒2'-O甲基化过程和机制的理解,为抗病毒药物开发提供了有价值的靶点。

AIMP2招募SMURF2促进3D聚合酶降解抑制EV71复制的功能机制

任军瑞, 余雷, 张秋寒, 任鹏羽, 蔡雨萌, 王雪云, 蓝柯, 吴叔文

2024, 39(4): 632 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.009

收稿日期: 2024-03-19 录用日期: 2024-06-25
[HTML全文] [PDF 2261 KB] ScienceDirectESM
肠道病毒71型(EV71)为主的手足口病疫情在亚太地区多次暴发,对婴幼儿健康构成严重威胁。因此,对肠道病毒的感染机制和致病性的研究变得越来越重要。3D聚合酶是EV71复制过程中最关键的RNA依赖RNA聚合酶(RdRp),被广泛用作抑制EV71感染的靶点。在这项研究中,我们报道了一种新的宿主蛋白AIMP2,它可以结合3D聚合酶并抑制EV71复制。进一步研究表明,AIMP2募集E3连接酶SMURF2,介导3D聚合酶的多泛素化和降解。此外,AIMP2的抗病毒作用也适用于CVA16和CVB1血清型。在这项工作中,我们旨在研究AIMP2在EV71感染过程中的动态调控功能,揭示一种新的抗病毒机制,并为开发抗肠道病毒治疗策略提供新的见解。

AGO2依赖的抗病毒短发夹RNA的设计与研究

别渊源, 张洁灵, 陈霁瑶, 张宇旻, 黄霂晗, 张磊砢, 周溪, 邱洋

2024, 39(4): 645 doi: 10.1016/j.virs.2024.05.001

收稿日期: 2024-03-11 录用日期: 2024-05-06
[HTML全文] [PDF 2017 KB] ScienceDirectESM
RNA病毒在近些年频繁爆发凸显了开发快速有效抗病毒疗法的必要性。RNAi作为一种由小干扰RNA(siRNA)或短发卡RNA(shRNA)激发的序列依赖性基因沉默机制,具有非常大的抗病毒应用潜力。AGO2依赖的短发卡RNA(agshRNA)是另一种可以激发RNAi的分子,它具有只产生向导链的特性,相比起传统的siRNA和shRNA在抗病毒方面具有更大的优势。在本研究中,我们使用一个包含了siRNA序列和对应沉默效率的公开数据集,通过逻辑回归算法建立了一种可以有效预测siRNA沉默效率的模型。我们使用这个模型针对多种RNA病毒(人肠道病毒71型,寨卡病毒,登革病毒,鼠肝炎病毒以及新型冠状病毒)设计了一系列siRNA并将它们转化为agshRNA。通过对这些agshRNA抗病毒效果的验证,我们证明了抗病毒agshRNA设计策略的有效性。我们以针对EV71的agshRNA为例,证明了agshRNA的抗病毒效果要优于基于相同序列的siRNA和shRNA。进一步的机制揭示了agshRNA的抗病毒效果依赖于由Ago2蛋白加工产生并加载在RNAi沉默复合体(RISC)的向导链。我们也通过动物实验验证了agshRNA的体内抗病毒效果。综上所述,本研究提出了一种新的抗病毒药物设计策略,即通过将机器学习算法与agshRNA设计相结合从而针对特定病毒定制高效的抗病毒agshRNA。

应用DNA捕获策略检测HBV感染不同肝脏疾病阶段患者血浆游离DNA中HBV DNA的整合

羊泽锐, 曾警燕, 陈粤粤, 王梦春, 罗红春, 黄爱龙, 邓海君, 胡源

2024, 39(4): 655 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.003

收稿日期: 2024-01-24 录用日期: 2024-06-04
[HTML全文] [PDF 1718 KB] ScienceDirectESM
在乙型肝炎病毒(HBV)感染的不同肝病阶段(慢性乙型肝炎CHB、肝硬化LC或肝癌HCC)患者血浆游离细胞DNA(cfDNA)中病毒DNA整合的特征尚不清楚。在本文,我们优化并建立了一种基于DNA探针捕获和下一代测序技术的策略来检测血浆cfDNA中HBV DNA整合。采用这种优化的策略,我们检测到合成的嵌合DNA序列和HBV感染HepG2-NTCP细胞后第一天的HBV整合事件,具有较高的灵敏度和准确性。我们进一步研究了HBV感染的HepG2-NTCP细胞和临床病例(CHB、LC和HCC)血浆cfDNA中HBV整合事件的特征。在HepG2- NTCP细胞和25个临床样本中分别检测到112个和333个整合断点。临床样本结果表明HCC患者的标准化支持唯一序列数(nnsus)显著高于CHB或LC患者(P < 0.05)。所有整合断点随机分布在人类染色体上,并在HBV基因组中nt1800附近富集。大多数整合断点(61.86%)位于基因编码区。在这三个阶段中,我们观察到非同源末端连接和微同源介导的末端连接。我们的研究表明:使用这种优化策略,可以在HBV感染不同阶段患者(CHB、LC或HCC)的血浆cfDNA中检测到HBV DNA整合。

HCV感染治疗前后胰岛素抵抗和β细胞功能的测量

陈继征, 邱盼, 赵廷枫, 姜昊蔚, 柯比努尔·吐尔逊, 苏莱曼·卡斯木, 陈新文, 王倩

2024, 39(4): 667 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.007

收稿日期: 2023-12-31 录用日期: 2024-06-19
[HTML全文] [PDF 1087 KB] ScienceDirectESM
慢性丙型肝炎病毒感染与2型糖尿病(T2DM)之间的相关性已经确立;然而,关于β细胞功能的研究,特别是在糖尿病前期人群中研究十分有限。本文中,我们评估了患有慢性丙型肝炎(CHC)的个体从正常葡萄糖耐量到T2DM的β细胞功能和胰岛素敏感性相关指标,以及抗病毒治疗对这些变量的影响。153名BMI < 25的非肝硬化、非纤维化CHC患者被纳入研究。其中119例成功接受抗病毒(DAA)药物或聚乙二醇干扰素/利巴韦林(IFN/RBV)抗HCV治疗。采用空腹以及口服葡萄糖耐量试验(OGTT)衍生指标评价β细胞功能和胰岛素敏感性。在所有受试者中,19人(13%)患有T2DM,21%表现为糖尿病前期,其中包括8%的独立空腹血糖受损(IIFG)和13%的空腹血糖合并糖耐量受损(IFG+IGT)。与未感染HCV的个体相比,根据胰岛素抵抗程度调整的早期胰岛素分泌和总胰岛素分泌指数在糖尿病前期CHC患者中有所下降。无论在禁食或OGTT状态下,通过DAA或IFN/RBV治疗,清除病毒对获得持续病毒学应答(SVR)的CHC患者的胰岛素敏感性和β细胞功能有积极影响。这些发现证实了HCV感染在β细胞功能障碍中扮演重要角色,同时也表明清除病毒可以改善胰岛素分泌,逆转胰岛素抵抗,改善血糖控制。这些结果对糖尿病前期CHC患者的管理具有重要意义,可以预防糖尿病相关的临床表现和并发症。

基于黑猩猩腺病毒载体的四价诺如病毒疫苗可诱导小鼠产生强效免疫力

江易桦, 孙羚津, 乔楠, 王祥, 朱彩虹, 邢嫚, 刘辉, 周萍, 周东明

2024, 39(4): 675 doi: 10.1016/j.virs.2024.07.002

收稿日期: 2023-11-20 录用日期: 2024-07-08
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诺如病毒(NoV)感染是造成全球肠胃炎的主要病因。由于其基因和抗原的多样性,该病毒给开发具有广泛免疫保护作用的疫苗带来了巨大挑战。迄今为止,还没有获准用于临床的 NoV 疫苗。在此,我们以黑猩猩腺病毒 AdC68 为载体,开发了一种广谱的四价 NoV 疫苗,该载体携带诺如病毒 GI 和 GII 亚群的主要衣壳蛋白(VP1)。与肌肉注射(i.m.)、鼻内注射(i.n.)或其他初免-加强免疫方案(i.m. + i.m.、i.m. + i.n.、i.n. + i.m.)相比,AdC68-GI.1-GII.3 (E1)-GII.4-GII.17 (E3) 通过 i.n. + i.n.给药可诱导小鼠产生更高滴度的血清 IgG 抗体以及支气管肺泡灌洗液(BALF)和唾液中针对四种同源 VP1 的IgA 抗体,还能明显刺激产生针对四种基因型的阻断抗体。在病毒样颗粒(VLP)-GI.1、VLP-GII.3、VLP-GII.4 和 VLP-GII.17 的再次刺激下, i.n. + i.n. 策略接种的四价疫苗有效地引发了以 IFN-γ 分泌为主要特征的特异性T细胞免疫反应。此外,该新型四价 NoV 疫苗只需要制备一种重组腺病毒,就能针对主要的 GI/GII 流行株提供广泛的预防性免疫,因此是一种很有希望进一步开发的候选疫苗。

黄芩素通过抑制Caspase-1及病毒2A蛋白酶发挥抗B组3型柯萨奇病毒作用

董艳艳, 邵恩泽, 李思葳, 王瑞琦, 王丹, 王立鑫, 杨虹, 何颖霞, 栾天, 陈阳, 王瑶, 林乐勋, 王燕, 钟照华, 赵文然

2024, 39(4): 685 doi: 10.1016/j.virs.2024.07.003

收稿日期: 2024-01-09 录用日期: 2024-07-12
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心肌炎是心肌组织的炎症性疾病,常见于儿童和青年,是扩张型心肌病的主要病因。B组柯萨奇病毒(Coxsackievirus B, CVB)是导致病毒性心肌炎的重要病原体。由于缺乏疫苗,抗病毒药物则成为控制CVB感染和心肌炎进展的重要手段。黄芩素为提取自黄芩(Scutellaria baicaleinsis)的黄酮类化合物,具有抗炎、抗氧化、抗肿瘤等多种生物学活性。本研究观察了黄芩素(baicalein)的抗CVB作用。结果表明,用黄芩素处理CVB3感染细胞,细胞病变受到显著抑制,细胞活力显著升高;此外,病毒3D蛋白、病毒RNA和病毒粒子的产生均显著下降。动物实验表明,黄芩素处理后,小鼠心肌组织炎症反应明显减轻,病毒在心肌组织中的复制受到明显抑制,小鼠存活率显著提高。进一步研究发现,黄芩素的抗病毒作用与其对caspase-1和病毒2A蛋白酶的抑制有关。本研究结果表明,黄芩素能有效抑制CVB3复制及病毒性心肌炎,因此,可能成为潜在的抗CVB药物。
Letters

2022年上海地区健康人群中手足口病相关肠道病毒血清中和抗体阳性率调查

王嘉瑜, 吴文成, 王葳, 张靖翊, 肖建伟, 蔡明毅, 郭家胤, 李润, 祝双利, 张万菊, 陈敏, 滕峥

2024, 39(4): 694 doi: 10.1016/j.virs.2024.05.008

收稿日期: 2023-10-20 录用日期: 2024-05-20
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肠道病毒A71型(EV-A71)、柯萨奇病毒A16型(CVA16)、柯萨奇病毒A6型(CVA6)、柯萨奇病毒A10型(CVA10)和柯萨奇病毒A4型(CVA4)是引起手足口病的主要病原体。本研究采集了307名年龄在3天至69岁之间的健康人血清标本,调查2022年上海地区5种手足口病相关肠道病毒血清中和抗体阳性率及滴度。研究结果表明,5种肠道病毒在健康人群中血清阳性率在40.07%-67.43%之间,其中CVA16中和抗体血清阳性率最低。柯萨奇病毒血清中和抗体阳性率在不同年龄组人群中与EV-A71呈现截然不同的分布趋势。在5岁以下儿童群体中,柯萨奇病毒保护性中和抗体血清阳性率较低,这提示在手足口病易感人群中,肠道病毒传播及流行的风险较高。此外,本研究也证实了CVA4在老年人群体中的隐性传播和流行。综上所述,这是2019年新冠病毒疫情后上海市首次报道手足口病相关肠道病毒血清流行病学特征。我们的数据可能有助于反应在健康人群中肠道病毒的感染史及群体免疫状况,为手足口病的防控提供一定科学依据。

循环滤泡辅助T细胞(cTfh)水平与COVID-19再感染风险相关

冯金珠, 蒲泽宇, 李镕, 李玉壮, 覃雪雯, 张辉, 张译文

2024, 39(4): 699 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.002

收稿日期: 2024-01-25 录用日期: 2024-05-30
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由于新冠病毒的持续突变,既往感染中诱导产生的特异性中和抗体在机体暴露于新流行株时的保护力大大削弱,其效价难以用于判断再次感染的发生风险。进一步对机体遭遇再次感染时的免疫动态进行研究,识别潜在的免疫学指标对于我们加深理解再次感染的发生具有重要意义。基于此,在本项研究中,我们针对22年底BA.5感染潮后处于康复期的人群进行志愿者招募和多次回溯,在23年5月XBB感染潮出现后建立了一个独特难得的封闭环境内感染者队列。通过血清学检测方法包括酶联免疫吸附测定(ELISA)和假病毒中和实验(PVNT),我们确定队列中有48%的志愿者在两轮感染潮中均感染(再次感染组),而其余52%则仅在第一轮感染潮中感染(单次感染组)。我们发现单次感染组在感染症状出现后一个月中针对BA.5的中和抗体(nAb)水平显著高于再次感染组。此外,我们使用酶联免疫斑点(ELISpot)和细胞内细胞因子染色(ICCS)对单次感染和再次感染组中的T细胞亚型进行了全面分析。深入研究CD4+ T细胞亚型时,我们发现单次感染组在感染症状出现后一个月内表现出更高比例的循环滤泡辅助T细胞(cTfh)。进一步分析揭示,nAb滴度的增加与cTfh细胞的比例显著相关,突出了cTfh细胞水平与体液免疫应答强度之间的潜在关联。综上所述,我们对不同的COVID-19易感人群进行了回顾性分析,发现免疫早期拥有较高中和抗体水平且存在较高比例循环滤泡辅助T细胞(cTfh)的人群,其再次感染SARS-CoV-2的风险较低。这凸显了cTfh在下一代疫苗中的重要作用,为预防新冠再次感染提供了关键的指导策略。

首个野猪犬瘟热病毒全基因组的序列分析

王通, 杜海莹, 冯娜, 刘雨行, 徐钰, 孙贺廷, 彭鹏, 秦思源, 张晓田, 刘衍, 于明远, 梁宏蕊, 何彪, 朱国强, 涂长春, 涂忠忠

2024, 39(4): 702 doi: 10.1016/j.virs.2024.05.004

收稿日期: 2023-10-25 录用日期: 2024-03-29
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犬瘟热病毒(CDV)是一种对野生动物和家畜具有高度传染性的病毒性疾病,对许多濒危野生食肉动物具有重要威胁。本研究首次从中国野猪中鉴定到了CDV毒株,并获得了其全基因组序列。系统发育分析表明,该毒株属于北极谱系,H基因与先前报道的俄罗斯远东豹毒株具有最高的99.3%同源性。病毒中和试验表明,在检测的中国东北地区60头野猪中,有11头(18.3%)具有不同水平的CDV中和抗体。本研究首次报道了野猪自然感染CDV的情况,该研究结果对了解CDV在野生动物中的扩散和传播具有重要意义。

免疫抑制病人中AAV2与AdV18或HSV-1的同时存在可能与严重舌乳头瘤状赘生物相关

虞结梅, 梁赜隐, 付远辉, 彭向雷, 郑妍鹏, 董玉君, 何金生

2024, 39(4): 705 doi: 10.1016/j.virs.2024.06.006

收稿日期: 2023-10-16 录用日期: 2024-06-19
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本研究对一名接受造血干细胞移植且长有严重舌乳头瘤状赘生物的患者粪便和赘生物组织样本进行了病毒宏基因组学分析。结果显示,两种样本中均含有大量的腺相关病毒2型(AAV2)序列,同时,粪便和组织样本中分别含有大量的可作为AAV2潜在辅助病毒的腺病毒血清型18 (AdV18)和疱疹病毒1型(HSV-1)。虽未明确确定直接因果关系,但这些病毒的同时存在提示其与免疫抑制病人严重的舌乳头瘤状赘生物发展之间可能存在联系。值得注意的是,本研究获得了一株AdV18的完整基因组序列,这也是迄今为止报道的AdV18的第二条全基因组序列。与以往序列相比,本研究中报道序列的聚合酶区存在三个氨基酸替换,六面体蛋白区有一个氨基酸替换,但系统发育分析揭示本研究中AdV18的聚合酶和六面体区域与先前报道的AdV18序列紧密关联。本研究数据为探讨腺病毒的遗传变异性、起源和致病性等提供了重要数据,同时强调了对HSCT患者进行全面的病原体筛查在阐明严重舌乳头瘤状赘生物病因学中具有重要作用。
39卷第4期 (2024年8月)

ISSN 1674-0769

EISSN 1995-820X

CN 42-1760/Q

主编: 石正丽

影响因子: 4.3*

*源于2023年JCR

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