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2017年32卷2期

Bats have been recognized as an important natural reservoir for zoonotic viruses affecting both humans and livestock. They are likely to shed deadly emerging pathogens through feces and urine, materials that can be highly infectious to humans. In this issue, Waruhiu et al. performed the first country-wide surveillance of bat-borne viruses in Kenya spanning from 2012–2015 covering sites perceived to have medium to high level bat-human interaction. Nine virus families were screened, and 8 were detected with varying distributions. The study provides new and extended knowledge with regards to the virus diversity in Kenyan bat species, and hence raises the public health concern on the importance of continuous surveillance (See page 101-114 for details). The cover is a photo captured during the investigation in a bat cave in Kenya. (Image courtesy of Prof. Zhengli Shi).

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Research Article

肯尼亚蝙蝠病毒的分子检测及新型星状病毒、杯状病毒与轮状病毒的发现

葛行义, 杨兴娄, 吴利军, 胡犇, 石正丽,

2017, 32(2): 101 doi: 10.1007/s12250-016-3930-2

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本研究是首个覆盖肯尼亚全境的蝙蝠携带病毒监测研究,通过非侵害性的方式,调查肯尼亚不同蝙蝠种群中的病毒分布情况。从2012年至2015年,在肯尼亚多处人群与蝙蝠接触的地区采集大量新鲜粪便粒样本,使用病毒科或并病毒属通用引物,对星状病毒、腺病毒、杯状病毒、冠状病毒、黄病毒、丝状病毒、副粘病毒、多瘤病毒、轮状病毒等RNA病毒和DNA病毒进行了核酸检测与测序,并对检测到的病毒进行了系统发育分析。 除丝状病毒外、其余8类病毒在所调查的5个省份均有检出,显示出不同的分布范围。其阳性率分别为:星状病毒(12.83%)、冠状病毒(3.97%)、副粘病毒(2.4%)、腺病毒(2.26%)、多瘤病毒(1.65%)、杯状病毒(0.29%)、轮状病毒(0.19%)、黄病毒(0.19%)。我们在埃及果蝠(Rousettus aegyptiacus)和安哥拉犬吻蝠(Mops condylurus)中发现了新型杯状病毒。在墓蝠(Taphozous)与埃及果蝠中发现了与A型轮状病毒相关的新型轮状病毒。我们发现的两株轮状病毒与感染人的轮状病毒高度相关,其VP6基因分别属于I2和I16两个基因型。在目前已知的轮状病毒中,属于I16型的仅有之前在肯尼亚报道的人A型轮状病毒B10株。新发现的蝙蝠轮状病毒具有一定的公共卫生意义,它们与人轮状病毒之间的高度相关性显示,人群与蝙蝠的接触频率的升高可能会导致一些蝙蝠携带的轮状病毒发生跨种传播感染人类。此外,我们在有人类活动的一些蝙蝠洞穴的蹄蝠(Hipposideros)中还检测到了与人冠状病毒229-E近似的蝙蝠冠状病毒。 本研究结果显示肯尼亚蝙蝠携带有多样的病毒,丰富了我们对蝙蝠病毒生态分布的了解。研究发现了一些与人类病毒高度关联的新型蝙蝠病毒,表明肯尼亚蝙蝠中存在一些对公众健康构成潜在威胁的病毒,在该地区持续开展蝙蝠病毒监测具有重要意义。

巨细胞病毒在Rasmussen脑炎患者脑组织中的表达

张尧, 王一松, 陈思畅, 陈帅, 关宇光, 刘长青, 李天富, 栾国明, 安静,

2017, 32(2): 115 doi: 10.1007/s12250-016-3917-z

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Rasmussen脑炎(RE脑炎)是一种病因未明的、极为罕见的、严重慢性进展性癫痫综合征。病毒感染(如巨细胞病毒)被认为是RE脑炎的潜在致病因素。然而以往研究并未在RE患者脑组织中检测出病毒抗原,病毒感染与RE脑炎的临床相关性尚待进一步阐明。本研究利用免疫组化和原位杂交的方法分析了26例RE患者和20例非RE患者脑组织中HCMV pp65抗原和DNA的表达情况,并分析了HCMV感染与患者临床表现的相关性。RE患者脑组织中HCMV pp65蛋白和DNA的表达率分别为88.5%(23/26)和69.2% (18/26),非RE患者脑组织中HCMV pp65蛋白和DNA的检出率仅为10%,0%。此外,我们还发现RE患者脑组织中HCMV pp65抗原的表达程度与患者的临床症状具有相关性,即患者脑组织中HCMV pp65抗原的表达程度越强,患者的临床前驱期越短、癫痫初次发作的年龄越小、脑萎缩的程度越严重。我们的研究结果提示HCMV感染与RE的疾病发生和进展相关,尚需进一步研究抗HCMV治疗是否可以延缓RE患者的疾病进程。

禽流感病毒直接感染人NK细胞并抑制细胞活性

毛华伟, 刘胤萍, 裴伟士, 刘宇隆, 涂文伟,

2017, 32(2): 122 doi: 10.1007/s12250-016-3918-y

[HTML全文] [PDF 3453 KB] Springerlink
自然杀伤(NK)细胞是天然免疫的重要组成成分,通过直接杀伤感染细胞从而在宿主抵抗病毒感染方面发挥了重要作用。流感是一种呼吸道疾病,在病毒感染早期即开始传播。逃逸宿主天然免疫包括NK细胞对于病毒扩增并成功导致急性感染至关重要。此前,我们发现人流感H1N1病毒能感染NK细胞,诱导细胞凋亡,并抑制NK细胞活性。在本研究中,我们进一步发现禽流感病毒也能针对NK细胞产生免疫逃逸。禽流感病毒能够感染人NK细胞,诱导细胞凋亡。并且,禽流感病毒颗粒和HA蛋白均能抑制NK细胞杀伤活性。该策略对禽流感病毒具有显著益处,能让病毒在宿主特异性免疫应答启动前有足够的时间得以扩增以致传播。我们的研究结果为阐述禽流感免疫致病机制提供了重要线索,也表明直接作用于NK细胞是人流感和禽流感共同的免疫逃逸机制。

利用病毒宏基因组学对冠心病人肠道微小噬菌体科的遗传多样性分析

郭靓骅, 华修国, 张文, 杨世兴, 沈权, 胡海斌, 李晶娇, 刘志坚, 王晓春, 王华, 周成林, 崔立

2017, 32(2): 130 doi: 10.1007/s12250-016-3896-0

[HTML全文] [PDF 3483 KB] Springerlink
近年来研究发现微小噬菌体,一类ss-DNA病毒科,在很多的环境中都起到重要的作用,并且在人类的肠道环境中也占有重要位置。本研究分析了冠心病人肠道病毒组成的一个总体情况并且尝试挖掘冠心病和肠道病毒群落的一个潜在的联系。利用病毒宏基因组学技术检测到了来自冠心病人和对照健康人的新病毒序列。对冠心病组和健康对照组的肠道病毒群落进行结构分析,结果显示肠道病毒群落构成可能与冠心病人的饮食以及生活习惯和接受的药物治疗相关。Virgaviridae和微小噬菌体科在冠心病人肠道病毒群落组成中所占比例最大。我们同时得到了14个微小噬菌体新病毒及其全基因序列并且对其进行了基因组结构分析。随后通过系统进化分析发现其中12个新型微小噬菌体病毒归类至Gokushovirinae,剩余2个新病毒则分别形成微小噬菌体科新的亚科。

Evaluation of real-time RT-PCR assays for detection and quantification of norovirus genogroups Ⅰ and Ⅱ

2017, 32(2): 139 doi: 10.1007/s12250-016-3863-9

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Noroviruses are the leading cause of acute gastroenteritis in humans.Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (real-time RT-PCR) is a promising molecular method for the detection of noroviruses.In this study,the performance of three TaqMan real-time RT-PCR assays was assessed,which were one commercially available real-time RT-PCR kit (assay A: Norovirus Real Time RT-PCR kit) and two in-house real-time RT-PCR assays (assay B:LightCycler RNA Master Hybprobe and assay C:RealTime ready RNA Virus Master).Assays A and B showed higher sensitivity than assay C for norovirus GI,while they all had the same sensitivity (103 DNA copies/mL) for GII DNA standard controls.Assay B had the highest efficiency for both genogroups. No cross-reactivity was observed among GI and GII noroviruses,rotavirus,hepatitis A virus,and poliovirus.The detection rates of these assays in GI and GII norovirus-positive fecal samples were not significantly different.However,the mean quantification cycle (Cq) value of assay B for GII was lower than assays A and C with statistical significance (P-value,0.000).All three real-time RT-PCR assays could detect a variety of noroviruses including GI.2,GII.2,GII.3,GII.4,GII.6,GII.12,GII.17, and GII.21.This study suggests assay B as a suitable assay for the detection and quantification of noroviruses GI and GII due to good analytical sensitivity and higher performance to amplify norovirus on DNA standard controls and clinical samples.

分离自中国的烟芽夜蛾囊泡病毒3h毒株的基因组分析

黄国华, 侯典海, 王曼丽, 成小文, 胡志红

2017, 32(2): 147 doi: 10.1007/s12250-016-3929-8

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迄今为止,还没有一株囊泡病毒中国毒株的全序列被报道。在本研究中,我们运用454焦磷酸测序技术对烟芽夜蛾囊泡病毒3h毒株(HvAV-3h)的全基因组进行了测序。HvAV-3h基因组大小为190,519 bp,G + C含量为45.5%。它编码185个长度不少于50个氨基酸(aa)的开放阅读框(ORFs),其中181个ORFs与其它囊泡病毒基因组有同源性、4个ORFs为HvAV-3h特有。基因同源性和基因对等排列分析以及系统发育分析显示,HvAV-3h与其它3个烟芽夜蛾囊泡病毒毒株有密切的亲缘关系,与草地贪夜蛾囊泡病毒1a毒株(SfAV-1a)、粉纹夜蛾囊泡病毒6a毒株(TnAV-6a)以及美双缘姬蜂囊泡病毒4a毒株(DpAV-4a)的亲缘关系较远。在185个预测的基因中, 有44个与囊泡病毒科毒株共有的保守基因。此外, 25个基因在除DpAV-4a外的囊泡病毒中均保守存在。HvAV-3h基因组中包含24个杆状病毒重复序列ORFs(bros),但没有发现含有同源重复区(hrs)。该毒株基因组分析为了解囊泡病毒基因组的功能和多样性提供了有价值的信息。
Letter

Phylogenetic analysis of avian infectious bronchitis virus isolates from Morocco: a retrospective study (1983 to 2014)

2017, 32(2): 155 doi: 10.1007/s12250-016-3885-3

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In Morocco, molecular and genetic characterization of IBV strain diversity have been very limited. A long-term retrospective study on Moroccan isolates is required to improve understanding of IBV evolution and IB epidemiology. The objective of this report is to perform a retrospective analysis of the origin and evolution of 62 Moroccan IBV isolates obtained from unvaccinated (21%) and vaccinated (70%) poultry flocks showing clinical signs of IB between 1983 and 2014.

一个从西双版纳蚊中分离的重组环状病毒

邢少贞, 郭晓芳, 张湘丽兰, 赵秋敏, 李伶俐, 左曙青, 安小平, 裴广倩, 孙强, 程实, 王云飞, 范航, 米志强, 黄勇, 张志毅, 周红宁, 张久松, 童贻刚

2017, 32(2): 159 doi: 10.1007/s12250-016-3886-2

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重配是一种常见的自然现象,在病毒的进化中起着重要的作用。我们命名为Banna orbivirus(BAOV)的一种新型的重配环状病毒,从中国云南省西双版纳州管辖区收集的库蚊三联池分离。它具有19,270bp的双链RNA基因组,包含不同长度的十个区段(Seg1-Seg10)。BAOV的10个区段具有与Fengkai环状病毒或西藏环状病毒(TIBOV,XZ0906株)的高核苷酸和氨基酸序列相似性。系统发育分析表明,该新型BAOV是源自XZ0906和Fengkai 环状病毒的病毒重配体,是Tibet病毒物种的成员。 这是在中国Tibet环状病毒的新基因组重配的第一次报告,这有助于我们对Tibet环状病毒的多样性的理解。

量子点标记草鱼呼肠孤病毒的入侵和感染特性研究

张付贤#, 颜世翠#, 郭洪, 陈清秀, 方勤

2017, 32(2): 163 doi: 10.1007/s12250-016-3903-5

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水生呼肠孤病毒是一种无囊膜病毒,具有双层衣壳的对称二十面体结构。草鱼呼肠孤病毒被认为是致病力最强的水生呼肠孤病毒。为了揭示水生呼肠孤病毒在感染早期入侵宿主细胞的机理,本研究以草鱼呼肠孤病毒为模型进行表面修饰和量子点标记,并表征其生物学特性。研究发现,纯化的量子点标记病毒不仅保留其主要结构蛋白成分,且量子点标记病毒的荧光信号能够与病毒的外衣壳蛋白实现共定位。进一步的感染性实验证实量子点标记过程没有显著影响病毒的感染性。此外,免疫荧光实验和活细胞原位荧光显微镜分析结果表明量子点标记的草鱼呼肠孤病毒不但能够用于病毒与细胞的定位研究,而且能够原位实时示踪病毒与宿主细胞在感染初期的相互作用过程。本研究建立的量子点标记无囊膜水生呼肠孤病毒的方法为下一步阐明水生呼肠孤病毒与细胞相互作用过程和揭示病毒侵染宿主的分子机制奠定了基础。

基于特定位点广泛突变的乙肝病毒聚合酶体外表型分析新策略

刘亚, 罗英英, 蔡雪飞, 龙泉鑫, 甘春阳, 杨柳青, 郭海涛, 黄爱龙, 张文露, 胡接力

2017, 32(2): 167 doi: 10.1007/s12250-016-3932-0

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耐药性是核苷类似物长期治疗慢乙肝时的常见问题。耐药性的产生与乙肝病毒聚合酶特定位点突变有直接关系。在核苷类似物耐药相关研究中,对突变热点进行广泛突变表型分析有助于理解基因型与表型的相互关系。现有基于质粒转染的广泛突变分析方法存在一些不足。本文中,我们建立了一种聚合酶特定位点广泛突变表型分析的新策略,该方法结合了简并引物随机突变方法以及聚合酶反式互补策略。以拉米夫定耐药突变位点rtM204为例,我们展示了该策略的可行性与实用性。

应用xTAG呼吸道病毒组套FAST技术(RVP FAST)进行C组人鼻病毒感染与儿童哮喘的关系研究

陈冬梅, 宋秦伟, 朱汝南, 钱渊, 孙宇, 邓洁, 王芳, 丁雅馨, 田润, 刘传合, 朱雯靓, 赵林清

2017, 32(2): 171 doi: 10.1007/s12250-016-3935-x

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明确哮喘形成的因素对于针对特定型别的哮喘开展新的靶向治疗非常重要。本研究的目的为应用xTAG呼吸道病毒组套FAST技术(RVP FAST)进行病毒感染,尤其是鼻病毒(HRV)感染与儿童哮喘的关系研究。入组的228例儿科患者包括哮喘组患者147例,对照组患者81例。对上述患者应用RVP FAST技术进行18种或型呼吸道病毒进行筛查,应用PCR结合序列测定及分析确定HRV种类。RVP FAST结果显示哮喘组(98.6%)较对照组(82.7%)的病毒感染率更高(P=0.0000007),但各种类病毒在两组人群中的分布,除外呼吸道合胞病毒 B(P =0.009)及人偏肺病毒(P =0.012)外,均无显著性差异。随后的PCR及测序结果显示哮喘组HRV的阳性率(52.4%)明显高于对照组(35.8%)(P=0.016),但两组人群中的HRV-A(P=0.825)与HRV-B (P=0.103)阳性率无显著性差异,而HRV-C的阳性率在两组人群中有显著性差异(32.0% vs. 12.3%,P=0.001) 。因此,HRV在诱导哮喘发作中的作用更可能与HRV-C相关,而HRV-A、HRV-B在其中可能无作用或作用较少,两者更可能与无症状性感染有关。