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2018年33卷1期

Over the past few years, a rising trend of emerging and virulent infectious diseases has been observed. Among the emerging viral infections, more than 75% are natural focal diseases. Natural focal viruses generally recycle in wild animals with relatively large populations as natural hosts, such as bats, rodents, and birds, and are transmitted by vectors such as ticks and mosquitoes that co-exist in the specific natural foci. A program for investigating the main natural hosts and vectors in China has been implemented from 2013 to 2017, which involves a team of researchers across twelve institutions in Xinjiang, Qinghai, Hubei, and Yunnan regions. This special issue collectively presents the interesting results generated from this program. We hope these articles will allow the readers to obtain a better understanding of the importance of investigating pathogen profiles in natural hosts and vectors, and to consider the potential risk of unknown pathogens to the public health. The cover is a gallery of photos which were captured by the team during the field investigation.

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Editorial

Investigation of Viral Pathogen Profiles in Some Natural Hosts and Vectors in China

2018, 33(1): 1 doi: 10.1007/s12250-018-0021-6

[HTML全文] [PDF 602 KB] Springerlink
Over the past few years, a rising trend of emerging and virulent infectious diseases has been observed. Among the emerging viral infections, more than 75% are natural focal diseases. Natural focal viruses generally recycle in wild animals with relatively large populations as natural hosts, such as bats, rodents, and birds, and are transmitted by vectors such as ticks and mosquitoes that co-exist in the specific natural foci. A program for investigating the main natural hosts and vectors in China has been implemented from 2013 to 2017, which involves a team of researchers across twelve institutions in Xinjiang, Qinghai, Hubei, and Yunnan regions. This special issue collectively presents the interesting results generated from this program. We hope these articles will allow the readers to obtain a better understanding of the importance of investigating pathogen profiles in natural hosts and vectors, and to consider the potential risk of unknown pathogens to the public health.
Review

中国主要蚊虫相关病毒的研究概况

夏菡, 王玉娟, 张波, 袁志明,

2018, 33(1): 5 doi: 10.1007/s12250-018-0002-9

[HTML全文] [PDF 697 KB] Springerlink
蚊虫的种类共约41属3500种。蚊虫可以携带种类繁多的病毒,它们被认为是传播疾病的最重要媒介之一。蚊虫相关病毒中的一类为医学意义已经明确的蚊媒病毒,它们可以引起人类严重疾病,对公共卫生安全造成极大危害。例如日本脑炎病毒、登革病毒、 基孔肯雅病毒、和寨卡病毒等。另一类为新发现的病毒,它们与人类疾病的关系的研究还不明确,例如版纳病毒,云南环状病毒等。还有一类蚊虫相关病毒为蚊虫特异性病毒,它们可以在自然条件下感染蚊虫,但是不能感染人类或其他脊椎动物的病毒。随着我国蚊虫及其相关病毒监测系统的不断发展和完善,近年来许多新的蚊虫相关病毒被发现。本文对我国主要的蚊媒相关病毒的发现历史,病毒的基本特征,地理分布和流行状况进行了综述。

蜱传病毒的综述

史君明, 胡志红, 邓菲, 沈姝

2018, 33(1): 21 doi: 10.1007/s12250-018-0019-0

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蜱虫是重要的病原传播媒介,其传播的病毒被称为蜱传病毒(TBVs),具有丰富的遗传多样性。已知的蜱传病毒主要分为2个目,9个科,12个病毒属。一些蜱传病毒对人和牲畜致病,死亡率高,严重危害公共健康卫生事业并造成重大经济损失。然而,还有很大一部分蜱传病毒对公共健康的危害还有待认知。本文总结了到目前为止已知的蜱传病毒,回顾了这些病毒的发现、分离历史,叙述了病毒在自然界中的蜱虫宿主和其他动物宿主,以及对人或动物的危害性。本文还涵盖了一些借助高通量测序手段,在蜱虫中新发现的尚未分类的新病毒,这些病毒也可能是潜在的致病原。这些信息将有助于我们更好地认识蜱传病毒的多样性,有助于蜱传病毒的自然宿主调查与深入研究。
Research Article

云南高山姬鼠和黑腹绒鼠携带两种新型正戊型肝炎病毒

王博, 李雯, 周继华, 李贝, 张玮, 杨卫红, 潘虹, 王丽霞, 石正丽, 张云智, 杨兴娄,

2018, 33(1): 44 doi: 10.1007/s12250-018-0011-8

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戊型肝炎病毒(HEV)是戊型肝炎病毒科的原型,也是常见急性病毒性肝炎的病原体。遗传多样性的HEV相关病毒已经在多种哺乳动物中检测到,其中一些具有造成人畜共患病的威胁。为了调查正戊型肝炎病毒的存在和流行情况,我们通过广谱RT-PCR检测了来自云南省7个野生小型哺乳动物物种的278个样本。HEV相关序列在鼠科的高山姬鼠(Apodemus chevrieri)和仓鼠科的黑腹绒鼠(Eothenomys melanogaster)中检测到,感染率分别为29.20%(59/202)和7.27%(4/55)。进一步扩增得到了四条新型正戊型肝炎病毒全基因组序列:分别来源于高山姬鼠(命名为RdHEVAc14和RdHEVAc86)和黑腹绒鼠(RdHEVEm40和RdHEVEm67)。全基因组序列和基因编码区氨基酸序列的系统发育分析和配对距离比较结果显示,在云南高山姬鼠和黑腹绒鼠中鉴定的病毒属于正戊型肝炎病毒C物种,但与两个已知的基因型高度分歧:HEV-C1源自啮齿动物,HEV-C2源自雪貂。实时定量RT-PCR结果显示,这些新发现的正戊型肝炎病毒具有嗜肝性。综上所述,本研究发现了两种新基因型正戊型肝炎病毒,初步命名为HEV-C3和HEV-C4,该结果扩大了我们对正戊型肝炎病毒的认识,并为其起源、进化和宿主范围提供了新的见解。

中国四种常见蚊类携带病毒组的比较分析研究

夏菡, 王玉娟, 史琛彦, 赵璐, 袁志明,

2018, 33(1): 59 doi: 10.1007/s12250-018-0015-4

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蚊类相关的病毒的种类繁多,中华按蚊,骚扰阿蚊,致倦库蚊,和三带喙库蚊是中国最常见的几类蚊种。目前还未见对这几种蚊种的病毒组是否存在种特异性的研究报道。本研究在同一地区共采集了2,222只蚊虫,并对其进行了分类,核酸提取和RNA高通量测序。测序结果经分析表明中华按蚊,骚扰阿蚊,致倦库蚊,和三带喙库蚊样品中分别有3,435,781, 2,223,509, 5,727,523, 和 6,387,867 条reads为病毒相关的序列。进一步分类研究表明,这些病毒相关序列分布于26 种病毒家族,宿主范围包括了脊椎动物,昆虫,植物,细菌等。本研究表明4种蚊种携带的病毒组的结构与蚊种密切相关,同时我们发现了一些新的病毒序列存在于蚊虫中。这帮助我们了解中国蚊种携带病毒的情况,并丰富了对蚊虫携带病毒的认识。

中国新疆不同生态系统蜱源克里米亚-刚果出血热病毒流行与系统进化分析

阿布力米提, 莫明, 岳锡宏, 沈姝, 常晨晨, 王诚, 雒涛, 张艳芳, 郭荣, 胡志红, 张渝疆, 邓菲

2018, 33(1): 67 doi: 10.1007/s12250-018-0016-3

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克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)是布尼亚病毒科内罗病毒属的一员,由蜱传播并引起人类严重出血性疾病。为研究新疆不同生态系统中CCHFV的流行病学特征,于2014 - 2017年分别在塔里木盆地、准噶尔盆地天山山地和阿尔泰山前山丘陵干旱草原4种不同的生态系统中采集蜱类样本3种58,932只。其中,亚洲璃眼蜱主要分布在塔里木盆地和准噶尔盆地,草原革蜱和残缘璃眼蜱分别分布于天山山地和阿尔泰山前山丘陵干旱荒漠草原。基于CCHFVS基因序列,采用逆转录聚合酶链式反应对其进行CCHFV分子检测。塔里木盆地、准噶尔盆地、天山山地和阿尔泰山前山丘陵干旱草原地区CCHFV阳性率分别为5.26%,6.85%,1.94%和5.56%,S片段序列系统进化分析显示,新发现病毒序列属于两个进化枝,与先前报道一致。研究证实,亚洲璃眼蜱是干旱沙质荒漠生境中CCHFV的主要携带载体,草原革蜱和残缘璃眼蜱是山地森林草原和丘陵干旱草原生态系统中CCHFV新的携带载体,提示有必要加强诸如山地森林草原等其他类型生态系统中CCHFV的监测和研究。

两株从中国北疆分离的新疆出血热病毒的特性描述与进化分析

张艳芳, 沈姝, 方耀辉, 刘金良, 苏正元, 梁津豪, 张忠, 吴巧丽, 王诚, 阿布力克木, 阿布都热西, 胡志红, 张渝疆

2018, 33(1): 74 doi: 10.1007/s12250-018-0020-7

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克里米亚-刚果出血热(CCHF)是由克里米亚—刚果出血热病毒(CCHFV)引起的一种死亡率约为50%的蜱传自然疫病,广泛流行于非洲、南亚、中东和欧洲东南部。克里米亚—刚果出血热疫情在我国新疆省亦有报道,早年的几次CCHF疫情均发生在南疆地区。CCHFV属于内罗病毒科正内罗病毒属,其基因组按长度分为L、M和S三个节段。流行病学调查在新疆省南部地区的蜱虫和啮齿动物中检测到CCHFV,也从南疆采集的蜱虫和感染病人样本中分离到了CCHFV毒株。北疆地区尚未有CCHF疫情报道,也鲜有开展对该地区CCHFV的流行情况的调查研究。本研究通过采集北疆地区的优势蜱种亚洲璃眼蜱,通过乳鼠接种的方式分离到两株来自北疆地区不同城市阜康和五家渠采的CCHFV新毒株,分析了新毒株的感染和生长特性以及进化关系。结果表明,这两株CCHFV新毒株S片段表现为不同于以往发现的其它中国毒株的另一基因型。上述结果表明北疆地区也存在CCHFV的自然疫源地,有助于进一步了解CCHFV在新疆地区流行分布,对深入理解来源于我国的CCHFV毒株之间的遗传进化提供了新的视角。

2009-2016年间中国云南果蝠携带β冠状病毒的纵向监测研究

罗云, 李贝, 蒋人地, 胡冰杰, 罗东升, 朱光剑, 胡犇, 刘海舟, 张云智, 杨兴娄, 石正丽

2018, 33(1): 87 doi: 10.1007/s12250-018-0017-2

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此前的研究表明,果蝠携带BatCoV HKU9和BatCoV GCCDC1这两种冠状病毒。为了研究这些冠状病毒的流行病学和遗传多样性,我们在2009-2016年间对中国云南省的果蝠进行了纵向监测。在蝙蝠样本中共检测到冠状病毒阳性59份(10.63%),BatCoV HKU9的阳性率为46(8.29%),BatCoV GCCDC1的阳性率为(2.34%)。通过全基因组测序,我们鉴定出一株新的蝙蝠冠状病毒HKU9,暂命名为BatCoV HKU9-2202。该病毒与其它株HKU9的核苷酸相似性为83%,与其它株HKU9差异性最大的区域是刺突蛋白区,氨基酸相似性仅为68%。定量PCR揭示肠道是BatCoV HKU9和GCCDC1的最主要感染部位,但在个别蝙蝠的心脏、肾脏和肺组织中也检测到HKU9。这项研究强调了在自然宿主中进行病毒监测的重要性,并强调有必要防范这些病毒对居住在蝙蝠洞附近的居民发生潜在溢出感染。
Letter

鹊鸲源H7N9禽流感病毒的分离鉴定及分子流行病学研究

姚艳丰, 张涛, 杨文海, 邵志勇, 何斌, 陈夏冰, 吴利军, 金尔光, 刘海舟, 陈建军, 陈洁

2018, 33(1): 96 doi: 10.1007/s12250-018-0001-x

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在2015年对武汉地区野生陆鸟进行常规流感监测的过程中,我们从鹊鸲中分离鉴定到1株H7N9亚型禽流感病毒。本研究对该株病毒进行了全基因组测序,并进行了分子特征和遗传进化分析。结果显示,该株病毒HA、NA基因属于长江三角洲亚系。在内部基因进化树上,该病毒与2014年江西毒株聚类在一起,暗示两地之间存在病毒传播。本研究首次从鹊鸲中分离H7N9亚型病毒,拓宽了流感病毒的宿主范围,证明了H7N9亚型病毒感染家禽甚至于人的可能性。继续开展对野生陆鸟流感病毒的分子流行病学调查,对研究禽流感病毒的变异和进化,以及对禽流感的综合防控有着重要的意义。

中国新型蝙蝠诺如病毒的分析与鉴定

杨灵恩, 王全溪, 徐琳, 涂长春, 黄小红, 何彪

2018, 33(1): 100 doi: 10.1007/s12250-018-0010-9

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诺如病毒是全世界范围内引起婴幼儿急性胃肠炎的仅次于轮状病毒主要病因。然而到目前为止只有一种诺如病毒被“国际病毒分类委员会”认可,分子流行病学研究显示在目前流行的诺如病毒之间有很显著的遗传多样性。诺如病毒已经在许多的哺乳动物中检测到,但是蝙蝠源诺如病毒只有一条基因序列记载在Genbank中。在本次研究中,我们检测了来自福建省的178只成年蝙蝠,发现2只为诺如病毒阳性。其中一份命名为NPIH26的样本被用来扩增全基因组序列,基因组分析显示,该病毒有典型的诺如病毒的基因组结构,并且和在云南菊头蝠体内检测到的蝙蝠诺如病毒BtRs-CalV/YN2010有很高的同源性(73%)。因此,我们认为NPIH26这个序列可以被认为是一个新的基因群,命名为GVII。本次研究有助于了解诺如病毒的进化起源和遗传多样性。

中国蝙蝠SARS相关冠状病毒感染人群的血清学研究

王宁, 李十月, 杨兴娄, 黄慧敏, 张玉基, 郭华, 罗楚铭, 朱光剑, 周济华, 张云智, 王林发, 石正丽,

2018, 33(1): 104 doi: 10.1007/s12250-018-0012-7

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在前期研究中,我们报道了在一个蝙蝠洞发现遗传多样的SARS样冠状病毒,并在细胞水平证明有些SARS样冠状病毒具备直接跨种感染人的可能。本研究建立了针对SARS样冠状病毒核衣壳蛋白抗体的ELISA检测方法,对来自于目标蝙蝠洞周围人群进行血清学调查。结果从218份人血清中检测到6份SARS样冠状病毒抗体,并通过Western blot进行了验证。本研究首次发现SARS样冠状病毒直接感染人群的证据,尽管没有引起明显的临床症状。

蹄蝠甲肝病毒的流行病学调查及其基因组特征分析

李雯, 王博, 李贝, 张玮, 朱燕, 石正丽, 杨兴娄

2018, 33(1): 108 doi: 10.1007/s12250-018-0013-6

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蝙蝠是多种病毒的天然存储库,近年来乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、戊型肝炎病毒相继从蝙蝠中检测出,提示蝙蝠可能是多种肝炎病毒的自然宿主。2015年德国科学家从非洲刚果、加纳,欧洲德国卢森堡,拉丁美洲哥斯达黎加等地的蝙蝠、啮齿动物等多种小型哺乳动物中检测到甲型肝炎病毒存在,显示蝙蝠也携带甲型肝炎病毒。而甲型肝炎的暴发是一种对人体健康和经济发展均有严重影响的疾病,中国迄今为止还没有过关于蝙蝠携带甲型肝炎病毒的报道,本论文首次对中国各地的蹄蝠进行甲型肝炎病毒的筛查及全基因组扩增。
本研究对2011年-2014年之间四川峨眉山、宜宾,湖北咸宁,云南墨江等地区采集的共计1266份蹄蝠粪便/肛拭子样本进行甲型肝炎病毒检测,首次从2011-2014年咸宁太乙洞的蝙蝠粪便样品中检测到9份甲型肝炎阳性样品,并获得一株长度为7,184bp的蹄蝠甲型肝炎病毒全基因组序列,命名为Hepatovirus-bat3206(HepV-bat3206)。对PCR扩增得到的部分复制酶序列进行比对,发现这些阳性序列之间的差异性很小,说明该病毒在咸宁地区的蝙蝠中可能非常保守。全基因组序列比对分析发现它与蝙蝠、刺猬和树鼩中发现的甲肝病毒同源性最高,但相似性最高为70%,其结构蛋白P1和复制酶基因相似度分析表明其属于甲肝病毒HepV-H的新的分离株。
本研究首次从中国蝙蝠中检测到甲型肝炎病毒在,进一步丰富了中国蝙蝠携带病毒谱的知识,首次对HepV在中国蝙蝠中的流行病学进行了调查,对预防和控制该疾病提供参考。

用于禽流感病毒亚型高效检测的多分析物悬浮芯片检测法的研究

李轶, 倪龙泉, 陈建军, 杨娟, 邓菲, 王华林

2018, 33(1): 111 doi: 10.1007/s12250-018-0018-1

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巨大的经济损失和越来越多的已报道的鸟传人的传播病例警示我们要对自然疫源地的禽流感病毒监测引起重视。然而,常用检测技术PCR和real-time PCR的有限检测能力使得现有的监测不全面、昂贵以及费力。在这项研究中,我们基于Luminex xMAP技术,设计了一套多分析物悬浮试验(MASA)来检测AIV的多种亚型。在这个实验中,有7个HA和5个NA亚型能在同一个反应中被区分检测出来。验证数据显示,这些亚型特异的扩增引物具有很高的特异性,并且每对引物对的亚型覆盖率高达82%至97%。我们的研究为自然疫源地的禽流感病毒监测提供了一种快速和经济的方法。